Johannes Sturm thành lập trường trung học Tin Lành năm 1538. Ngôi trường được nâng cấp trở thành học viện (académie) năm 1556 và dần dần trở thành Trường Đại học (1621) rồi thành Trường Đại học Hoàng gia (1631). Sau khi Strasbourg thuộc Pháp và đặc biệt là từ cuộc Cách mạng Pháp trường đại học ngày càng biến chuyển trở thành một trường đại học Pháp và trở thành một cực Pháp trong thành phố. Sau cuộc chiến năm 1870, do Pháp mất vùng Alsace nên giới tinh hoa của trường đại học đã rời bỏ Strasbourg. Tuy được tái thành lập sau đó nhưng năm 1918, sau khi Alsace lại thuộc về Pháp, trường lại được biến đổi hoàn toàn thành trở thành một trường đại học Pháp.

Ngày nay Trường Đại học Strasbourg nằm trong "Liên minh châu Âu của các trường đại học Thượng lưu sông Rhein" và có nhiều quan hệ với trường các trường đại học Karlsruhe, Basel, Mühlhausen và trường Đại học Albert Ludwig Freiburg. Do nhà thờ có một vị trí đặc biệt trong vùng Alsace nên trường Đại học Strasbourg là trường đại học duy nhất của Pháp có hai khoa về thần giáo do nhà nước tài trợ (Công giáo và Tin Lành).